Perlen wachsen in bestimmten perlbildenden Muscheln oder auch in Schnecken heran. Sie bestehen zu ca. 90% aus Kalziumcarbonat (Aragonit). Die Mineral-Kristalle wachsen in Form von Plättchen, welche schichtartig um einen Kern angeordnet sind. Die Substanz Choncyn hält die Plättchen wie einen Kitt zusammen, weshalb Perlen sehr widerstandsfähig gegen Druck sind. Der einzigartige Glanz der Perlen entsteht durch Reflexion des Lichts an den Bruchkanten der Aragonit-Plättchen. Dieser Glanz, in der Fachsprache «Lüster» genannt, wird immer schöner, je feiner und zahlreicher die Plättchen einer Perle sind.

Eine Perle entsteht, wenn das Drüsengewebe der Muschel verletzt oder durch einen Parasiten angebohrt wird und ein Stückchen dieses Gewebes dadurch in das tiefere Mantelgewebe des Muscheltieres verschleppt wird. Dort bildet sich eine Art Zyste, welche dann durch Absonderung von Kalziumcarbonat (dem Baumaterial der Schale) ummantelt wird. Schicht für Schicht baut sich durch diesen Vorgang eine Perle auf. Wenn dies auf natürlichem Weg geschieht, nennt man das Produkt eine «echte Perle» oder «Naturperle». Solche Perlen sind aber äusserst selten, weshalb Forscher um den Japaner Mikimoto in den 1920-er Jahren ein Verfahren entwickelten, um Perlen zu züchten. Heute sind fast alle Perlen auf dem Markt Zuchtperlen.

Bei der Zuchtperle wird dem Muscheltier von Menschenhand ein Perlmuttkern und ein Stück Drüsengewebe implantiert, welche dann die Bildung einer Perle provozieren. Die Muscheln werden in Zuchtfarmen im Meer gehalten und sorgsam gepflegt, bis man nach Monaten oder oft erst nach mehreren Jahren die Perlen ernten kann. Ohne nähere Bezeichnung ist unter «Perle» eine Zuchtperle gemeint.

Perlen gibt es in den Farben Weiss, Rosa, Gelb und Grau. Die Farbe hängt von der Art der Muschel ab. Die Form einer Perle wird durch den implantierten Kern und ihr Wachstum bestimmt. Eine perfekt runde Perle mit einer glatten, makellosen Oberfläche ist selten und entsprechend teuer. Oft ist die Form unregelmässig (barock) und es sind Wachstumsspuren in Form von Rillen oder Kerben zu sehen. Spezielle Ausprägungen dieser Abweichungen, zum Beispiel schöne Tropfenformen, sind wiederum sehr gesucht.

Süsswasserperlen entstehen in Flüssen oder Seen, sind weiss bis rosafarben und werden vor allem in China gezüchtet. Akoyaperlen nennt man die klassischen weissen Perlen mit rosa Lüster, welche in Japan kultiviert werden. Tahitiperlen stammen aus Polynesien und sind grau bis schwarz. Südseeperlen sind weiss oder gelb resp. goldfarben und kommen aus Australien oder von den Philippinen.